Le fonctionnement complexe des Barthes de l’Adour a permis le développement d’habitats naturels très diversifiés.
La moitié du site est occupée par des boisements naturels -aulnaies marécageuses-, semi-naturels -chênaies de l’Adour d’intérêt communautaire- ou plantés par l’homme -peupleraies-. Les boisements accueillent de nombreuses espèces de chauves-souris arboricoles et d’insectes xylophages.
Un quart du site est recouvert par des prairies utilisées selon leur régime d’inondation : les prairies longuement inondées en hiver sont pâturées et les moins humides sont fauchées. Le papillon Cuivré des marais se reproduit dans certaines prairies sur les oseilles sauvages. Un cinquième du site est occupé par des cultures de maïs retrouvées principalement dans le bas Adour maritime.
Les autres milieux naturels sont aquatiques et rivulaires : eau libre, herbiers aquatiques, mégaphorbiaies… Ils abritent une diversité remarquable d’espèces végétales et animales : Fluteau nageant, Agrion de mercure, Cistude d’Europe, Loutre, poissons migrateurs…
Des habitations sont présentes en barthe haute dans le bas Adour maritime.
Au total, 16 habitats naturels des Barthes de l’Adour sont des habitats d’intérêt communautaire. 4 d’entre eux sont d’intérêt communautaire et prioritaire. Les autres habitats jouent un rôle majeur dans la mosaïque de milieux et sont pour la plupart des habitats d’espèces d’intérêt communautaire ; citons par exemple les aulnaies marécageuses qui abritent le très rare Vison d’Europe.
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