La biodiversité des Barthes est menacée par :
- la modification du contexte hydraulique (assèchement excessif par exemple)
- le développement d’espèces exogènes (jussies, érable negundo, vison d’Amérique, tortue de Floride...)
- l’intensification de l’exploitation du territoire (agriculture et sylviculture)
- l'abandon des pratiques actuelles : disparition des prairies par arrêt du pâturage extensif, des continuités biologiques et des plans d'eau (exemple : lacs de tonne)
- la dégradation de la qualité de l’eau
Le principal objectif est donc de conserver la mosaïque d’habitats avec les activités socio-économiques dont elle dépend et qui en dépendent en préservant le système agro-pastoral et le contexte hydraulique voire en les restaurant si nécessaire.
